9月28日14时，环保部、国家林业局在环保部二层多功能厅公开约谈张掖市人民政府、甘肃省林业厅和祁连山国家级自然保护区管理局主要负责人，就祁连山国家级自然保护区生态环境问题进行通报。

环保部自然生态保护司副司长柏成寿开门见山，直击问题：甘肃祁连山国家级自然保护区生态环境存在下列问题：一是矿产资源开发活动明显，核心区和缓冲区内存在探矿采矿活动；二是水电设施建设繁多，保护区及其外围存在大量水电站建设；三是实验区旅游设施涉嫌未批先建；四是保护区存在多处马场等放牧设施，草场生态环境局部退化。最新的卫星遥感还发现，黑河和石羊河流域水电开发对下游生态环境已经造成一定影响，近年来在缓冲区和实验区还新增了水电、旅游等多处人类活动。

环保部自然生态保护司司长庄国泰和国家林业局野生动植物保护与自然保护区管理司巡视员孟沙在约谈中明确要求，张掖市人民政府、甘肃省林业厅和祁连山国家级自然保护区管理局须牢固树立生态保护红线意识，制定整改方案，限期对各类违法开发建设活动进行清理整治，对相关单位及责任人违法违规行为进行处罚。相关负责人须进一步严格管理制度和执行力度，切实加强对保护区的管理；限期整改不到位，将按照《党政领导干部生态环境损害责任追究办法》追究责任。