包头市自1996年起开展自然保护区建设以来，已建立自然保护区6个，其中国家级1个，自治区级3个，县级2个，分别为大青山、南海子湿地、巴音杭盖、梅力更、春坤山和红花敖包自然保护区，涵盖了森林生态、草原与草甸生态、荒漠生态、内陆湿地和水域生态等丰富多样的生态系统类型。现全市保护区总面积为1976.86平方公里，覆盖率为7.12％。 

　　2014年10月起，包头市组织开展了全市突出环境问题和环境安全隐患整治大排查工作，针对排查出的问题，印发了《包头市人民政府关于印发包头市突出环境问题和环境安全隐患整治督查工作方案》，成立了以市长任组长的整治工作领导小组，推进问题整改。对涉及自然保护区的问题，制定了专项工作方案，成立了专项督查组，由一名副市长专门负责。此次整治工作对全市各级自然保护区内各类开发活动进行了彻底的排查，共排查出各类生态环境问题208个，包括矿山开发企业问题182个（其中有11项后经核实为重复矿点），经营类企业问题26个（公墓、旅游开发等）。按照核心区和缓冲区内违法项目，立即予以关停或关闭，限期拆除，并逐步实施生态恢复；实验区内违法排放污染物和影响生态环境的项目，责令限期整改，整改后仍不达标的，坚决依法关停或关闭；未批先建、批建不符的项目，责令停止建设或使用，并恢复原状的要求，通过采取拆除供水、供电设施，封闭生产道路，拆除临时建筑及生产设备，平整场地等措施，已对保护区内177个矿山开发企业予以了关停、取缔；26个经营类项目正在按照保护区管理要求办理手续。